Denizlerde başlayan gizemli girdaplar ve kaybolan dalgıçlar, Kraken araştırma gemisini okyanusun en büyük sırrının peşine düşürür. Profesör Celalettin ve ekibi, suların altında insanlık dışı deneyler yürüten çılgın bilim insanı Profesör Black ile karşı karşıya gelir.
Balık ve balina kök hücreleriyle suda yaşayabilen yeni bir ırk yaratıp dünyayı ele geçirmeyi hedefleyen bu tehlikeli plana karşı; genç öğrenciler Nilüfer, Filiz, Onur ve Yavuz zekâlarını ve yüksek teknolojiyi kullanarak zamana karşı amansız bir mücadeleye girişir.
Derinlerdeki Gölge; bilimsel etik, cesaret ve teknoloji dolu, nefes kesen bir sürükleyicilik sunuyor.
